Tenía casi 80 años cuando el 29 de diciembre de 1859 fue capturado en Tran-Xa, durante la nueva persecución anticristiana ordenada por el rey Tu-Duc. Ese día había dejado su refugio para trasladarse a otro, cuando junto al puente de Tran-Xa fue reconocido como cristiano a causa de su vacilación al atravesar el puente, por no pisar la gran cruz que los perseguidores habían puesto en la tierra. Arrestado y conducido a juicio, fue sometido a un intenso interrogatorio, para encontrar en sus palabras cualquier declaración que implicase su relación con los cristianos locales y los europeos; fue invitado a convencer a sus correligionarios de que apostataran y pisaran la cruz, y en este punto el padre Tomás, declarándose cristiano desde la infancia y sacerdote de Cristo, rechazó indignado la sugerencia, afirmando que estaba preparado para morir mil veces por su amada religión.
Fue condenado a muerte un mes después, el 30 de enero de 1860. Arrodillado frente a una pequeña cruz de cañas que había llevado consigo, fue decapitado en el acto de venerarla. Fue beatificado en 1951 y canonizado con los demás mártires de Vietnam el 19 de junio de 1988.
Traducido para ETF con escasos cambios, de un artículo de Antonio Borrelli.