La sede de la Iglesia Católica en la ciudad del Vaticano es objeto de muchos malentendidos. Algunos creen que se debe a que la Iglesia es una manifestación de lo detestable y aborrecible, según la interpretación errónea de algunos pasajes bíblicos. Por ejemplo, el Apocalipsis 18,2 describe a Babilonia como una ciudad donde se encuentra refugio para todo espíritu impuro. Sin embargo, en la tradición cristiana, Babilonia se refiere al Imperio Romano, no a la ciudad del Vaticano.
La Iglesia Católica se comunica a través de la tradición y las escrituras. En el libro de 1 Pedro, el Apóstol Pedro se dirige a la comunidad cristiana de Babilonia, elegida como la nuestra, y en particular a Marcos, su hijo (1 Pedro 5,13). Algunos podrían interpretar que la Iglesia de lo detestable y aborrecible saluda a los cristianos, pero en realidad es la comunidad cristiana establecida en Roma la que efectúa este saludo.
Según la Biblia, nuestro Señor Jesús nombra a Pedro como la cabeza visible de la Iglesia, diciendo: "Y yo te digo que tú eres Pedro, y sobre esta piedra edificaré mi Iglesia, y las puertas del infierno no prevalecerán contra ella" (San Mateo 16,18). Esto demuestra la autoridad y el primado de Pedro dentro de la Iglesia.
La tradición de la Iglesia y las escrituras prueban que Pedro fue Obispo de Jerusalén, luego se trasladó a Antioquia y finalmente a Roma, donde fue martirizado. La documentación histórica, como la carta de San Clemente Romano a la comunidad de Corintio, confirma el martirio de San Pedro y San Pablo en Roma (Carta de San Clemente Romano, Numeral V y VI).
San Ignacio de Antioquia, sucesor de San Pedro en el obispado de Antioquia, también hace referencia al martirio de los apóstoles en su carta dirigida a los romanos. En ella, San Ignacio de Antioquia deja claro que quiere compartir el destino del martirio tal cual lo sufrieron los apóstoles Pedro y Pablo.
La Iglesia conserva la tradición al respetar el primado de Pedro y mantiene la sucesión apostólica. Por eso, la Basílica de San Pedro en la ciudad del Vaticano se convirtió en la sede de toda la Iglesia Católica, donde se encuentran los restos de los apóstoles Pedro y Pablo.